Cardcaptor Sakura ra đời một thời gian ngắn sau khi manga Magic Knight Rayearth của CLAMP kết thúc quá trình đăng tải trên tạp chí Nakayoshi do nhà xuất bản Kōdansha ấn hành.[10] Trưởng ban biên tập của CLAMP là Yamonouchi Hideki đề xuất họ thực hiện một tác phẩm khác cho Nakayoshi, nên nhóm đã quyết định sáng tác một xê-ri "phong cách Nakayoshi", trái ngược với Rayearth, và mô tả đây là bộ truyện không giống như bất kì tác phẩm nào trước đó của họ.[11] Chủ bút Ohkawa Nanase của CLAMP nảy ra ý tưởng đầu tiên là sáng tác một bộ truyện mahō shōjo (cô gái phép thuật), mặc dù cô không thành thạo thể loại này. Ohkawa muốn nhân vật nữ chính Sakura cùng nhóm tuổi với phần lớn độc giả của Rayearth để người hâm mộ cảm thấy gần gũi hơn với cô bé. Sakura và các bạn thân học lớp 4 tiểu học vì Ohkawa cảm thấy đó là giao điểm giữa trẻ con và "một cái gì đó mới hơn nữa đang chờ phía trước."[9] Vì Sakura có sự khác biệt so với cách xây dựng nhân vật thông thường của CLAMP, Ohkawa đã thiết kế một số nhân vật như Tomoyo và Cerberus sao cho tương đồng với những sáng tác trước đây. Khi Ohkawa đã nghĩ ra đủ thông tin về nhân vật, đến lượt ba họa sĩ trong CLAMP—Mokona, Nekoi Tsubaki và Igarashi Satsuki—vẽ phác thảo họ dựa theo lời mô tả của cô. Chỏm tóc chỉa ra trước trán của Sakura do Mokona sáng tạo vì cô nghĩ nó trông nổi bật.[12] Khi tạo hình cho Cerberus, Ohkawa muốn có một mẫu linh vật bầu bạn với Sakura, nhưng Nekoi đã phải thử vẽ nhiều hình dáng khác nhau, bao gồm chó và sóc, trước khi chính thức xuất xưởng phiên bản cuối cùng.[9][10] CLAMP có xu hướng tạo dựng những tham chiếu qua lại giữa các tác phẩm của họ để hình thành một vũ trụ hư cấu. Mối liên kết này được thể hiện trong những tác phẩm ra mắt vào năm 2003 là ×××HOLiC và đặc biệt là Tsubasa -RESERVoir CHRoNiCLE-, với Sakura và Syaoran là hai hình mẫu nhân vật được khai thác thường xuyên.[13][14]

Bộ bài Clow chịu ảnh hưởng từ thiết kế của bài tarot. Mặt sau và viền của từng lá bài được tạo ra đầu tiên, sau đó Mokona vẽ hình lên khi đã xác định được tên và quyền năng của chúng trong câu chuyện. Hầu hết thẻ bài có nhân dạng hóa là nữ, bởi vì người tạo ra chúng—Clow Reed—là đàn ông.[9] Đã có nhiều đề xuất về nhan đề cho bộ truyện này theo hướng kết hợp tên của nhân vật chính, như Cardcaster Sakura và Card Character Sakura, trước khi Nekoi chốt cái tên Cardcaptor Sakura.[9][10] CLAMP mất rất nhiều thời gian chuyển tải toàn bộ kịch bản lên những khung tranh và trang truyện ít ỏi được định sẵn theo đối tượng độc giả của họ.[12] Mặc dù Ohkawa là người hoạch định dự án Cardcaptor Sakura từ đầu đến cuối, cô không bao giờ tiết lộ cốt truyện với các thành viên khác của nhóm, mà chỉ đưa cho họ kịch bản của từng chương một. Ban đầu Mokona vẽ Tomoyo theo hướng phải lòng Tōya, vậy nên cô đã hoàn toàn bất ngờ khi nhận được kịch bản của chương truyện cho thấy Tomoyo yêu Sakura. Kịch bản được dự kiến sẽ thuộc loại câu chuyện "cứ cố gắng hết sức rồi sẽ thành công," nhưng thay vào đó Ohkawa lại triển khai tác phẩm theo lối suy nghĩ "mọi chuyện nhất định sẽ ổn thôi" của Sakura. Ohkawa muốn xây dựng một cốt truyện mà "thiểu số sẽ cảm thấy thoải mái," ngụ ý những mối quan hệ đồng tính và cấm kỵ thường thấy trong manga. Sakura là kiểu nhân vật có những suy nghĩ cởi mở về sự khác nhau giữa quan hệ gia đình và các hình thái của tình yêu,[10] và "sẵn sàng chấp nhận tình yêu ở mọi hình thái của nó," vì Ohkawa muốn cô bé đối xử với tất cả mọi người thật bình đẳng.[12] Lấy Tomoyo và Sakura làm ví dụ, Ohkawa chỉ ra loại tình cảm điển hình trong tác phẩm. Cô lý giải việc Tomoyo và Sakura cuối cùng không trở thành một cặp chẳng phải vì Tomoyo là con gái, mà bởi vì Sakura không yêu Tomoyo theo một cách lãng mạn.[10] Ohkawa đã thấy bất ngờ khi Syaoran được độc giả nam yêu thích, mà chủ yếu vì họ cảm thông với tình cảm mà cậu dành cho Sakura.[15]

Ohkawa đã khuyên các họa sĩ, đặc biệt là Mokona, đi những nét mảnh và cố gắng diễn tả mọi thứ bằng các đường cong tương phản với đường thẳng.[10] Phong cách nghệ thuật đã được duyệt xét ngay từ đầu để thống nhất với thế giới quan trong Cardcaptor Sakura. Ohkawa muốn có một bộ truyện tạo cảm giác "mềm mại, đáng yêu," vì vậy cô đã yêu cầu họa sĩ không sử dụng quá nhiều mực và cần làm sáng trang truyện.[15][16] Cô cố gắng tạo ra các nhân vật thật khác nhau và dễ phân biệt, ngay cả trong những cảnh chiến đấu. Sakura tóc ngắn và có màu sáng, nên Ohkawa để Tomoyo tóc dài và có màu tối.[12] Khi phải vẽ rất nhiều hoa dùng làm cảnh nền cho manga, Nekoi tham khảo hàng loạt tài liệu để tìm bông hoa thích hợp, và cố gắng tránh vẽ trùng một loại hoa nhiều hơn một lần trong mỗi chương. Igarashi nhận xét rằng họ "chưa bao giờ phải minh họa nhiều hoa như vậy trong một tác phẩm," nhưng cả nhóm cố ý không sử dụng hoa hồng. CLAMP muốn kết hợp yếu tố chuyển đổi cảnh nền vào Cardcaptor Sakura, nhưng vì nhiều manga thể loại cô gái phép thuật khác cho nhân vật nữ mặc đồng phục chiến đấu, nhóm muốn Sakura khoác lên người nhiều kiểu quần áo phong phú. CLAMP cảm thấy rằng "thật là chán khi một cô gái chỉ mặc độc một bộ đồ mọi lúc."[10][16] Các chi tiết nhỏ thường nhật được cân nhắc kỹ, trên cơ sở tập trung vào tính "dễ thương;" CLAMP không muốn thể hiện các yếu tố "chết chóc" trong tác phẩm.[9]